O Conselho de Administração do ISSEM é composto de 13 (treze) membros titulares e 06 (seis) suplentes que cumprem mandato gratuito e considerado honorífico com duração de 03 (três) anos, sendo permitida 01 (uma) recondução ou reeleição.

O Presidente é nomeado pelo Prefeito Municipal e deverá ser componente do quadro de funcionários estáveis. Haverá 06(seis) membros eleitos pelos segurados e outros 06 (seis) indicados pelo Prefeito Municipal, dentre os segurados efetivos estáveis, ativos e inativos, da Prefeitura Municipal de Jaraguá do Sul, Câmara de Vereadores e SAMAE. Os suplentes serão 06 (seis), sendo 03 (três) indicados pelo Prefeito Municipal e 03 (três) eleitos pelos segurados.

O Conselho de Administração, instituído pela Lei Complementar nº 33, de 23 de dezembro de 2003 é o órgão de deliberação e orientação superior do Instituto de Seguridade dos Servidores Municipais – ISSEM.

Ao Conselho de Administração cabe aprovar a política e diretrizes de investimentos dos recursos do ISSEM, bem como participar, acompanhar e avaliar sistematicamente a gestão econômica e financeira dos recursos, determinar a realização de inspeções e auditorias, elaborar e aprovar o Regimento Interno, representar e se manifestar sobre assuntos de relevância para o ISSEM, entre outros.